어떤 형태의 다이빙에서도 안전정지(safety stop)를 권장하지만 대심도 다이빙에서는 특히 중요하다. 안전정지는 다이버의 전체적인 상승속도를 늦추고 다이버가 수면으로 올라오기 전에 기체의 배출을 돕는 시간이다. 대심도 다이빙에서는 항상 3~6 m 수심에서 3~5 분간 안전정지를 실시해야 한다.
대심도에서는 공기 소모율이 높기 때문에 다이버가 안전정지 수심에 도착했을 때 공기가 부족한 경우가 있을 수 있다. 이 경우에는 다이버가 안전정지를 실시할 수 없게 된다. 이런 경우를 대비하여 일부 대심도 다이버들은 항상 여분의 공기를 안전정지 수심에 준비해 둔다. 대부분 스쿠바 실린더에 호흡기를 연결하여 상승줄에 걸어 놓거나 다이빙 보트나 고정된 도크 아래에 매달아 놓는다. 또 다른 방법으로는 실린더는 배나 도크 위에 놓고 긴 호스로 호흡기 2단계를 적절한 수심까지 내려 놓을 수 있다. 두 가지 방법 모두 대심도 다이빙 이후에 안전정지를 실시하기 위한 충분한 공기가 채워져 있는지 확인해야 한다.